Témata prací
Úvod k nabízeným tématům prací
Výzkumná skupina nabízí témata bakalářských, magisterských a disertačních prací, a to na Přírodovědecké fakultě i na Fakultě informatiky Masarykovy univerzity.
Témata bakalářských a magisterských prací jsou uvedena níže na této stránce. U každého tématu je uveden kontakt na vedoucího, jakožto i odkaz na vypsané téma v rozpisu témat v Informačním systému Masarykovy univerzity. Některá témata prací jsou dle jejich zaměření nabízena na obou výše uvedených fakultách, jiná pouze na jedné z nich.
Šikovným studentům může být také nabídnuta práce na částečný úvazek.
Aktuálně nabízená témata jsou uvedena níže. Pokud vás některé zaujalo, neváhejte kontaktovat školitele.
Témata disertačních prací jsou stanovena dohodou zájemce o doktorské studium a vedoucí výzkumné skupiny na základě schopností a výzkumného zájmu zájemce a výzkumného směřování skupiny Strukturní bioinformatika. Pokud máte zájem o téma disertační práce, kontaktujte vedoucí výzkumné skupiny.
Nabízená témata bakalářských prací
Generalizace empirické metody pro výpočet parciálních atomových nábojů SQE+qp
Školitel: RNDr. Ondřej Schindler (e-mail, MUNI)
Popis tématu: Parciální atomové náboje popisují rozložení elektronové hustoty v rámci molekuly. Jejich vypočítání pomocí metod kvantové chemie je výpočetně náročné a proto jsou vyvíjeny empirické metody, které parciální atomové náboje počítají výrazně rychleji. Empirická metoda SQE+qp je vhodná pro výpočet parciálních atomových nábojů proteinů. Nevýhodou této metody je její použitelnost pouze pro proteiny bez ligandů.
Cílem práce je upravit metodu tak, aby byla vhodná i pro malé organické molekuly.
Požadavky na studenta: Znalost programování v Pythonu, zkušenost s operačním systémem Linux. Výhodou je zkušenost s používáním výpočetních zdrojů MetaCentra.
Odkaz na téma v rozpisu IS MUNI:
Validácia konformácií cyklov vybranej skupiny ligandov
Školiteľ: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková (e-mail, MUNI)
Konzultant: Mgr. Viktoriia Doshchenko (e-mail)
Popis témy: Jedným z najpoužívanejších zdrojov, ktorý obsahuje 3D štrukturálne dáta makromolekúl a ich príslušných malých molekúl – ligandov je Protein Data Bank (PDB). PDB obsahuje validačné reporty štruktúr, ktoré zahŕňajú informácie, nie len o ich kvalite. Napriek validácií môžu niektoré štruktúry obsahovať menšie alebo väčšie chyby, preto je dôležité overiť ich kvalitu. Ligandy môžeme rozdeliť do rôznych skupín napríklad na základe ich funkcie, typu alebo štruktúry.
Cieľom práce bude overiť, či konformácie cyklov vybranej skupiny ligandov odpovedajú energeticky najvýhodnejšej konformácii a následne vypracovať štatistickú a biologickú analýzu ligandov.
Požiadavky na študenta: Základy programovania v Pythone.
Odkaz na téma v rozpisu IS MUNI: