Semestrální projekty

Úvod do semestrálních projektů

Semestrální projekty jsou kratší než projekty, na kterých student pracuje v rámci bakalářských nebo magisterských prací. Obvykle trvají jeden semestr. Na každý projekt dohlíží školitel, který zároveň slouží jako hlavní kontakt pro studenty, kteří mají o projekt zájem. 

Studenti jsou za práci na semestrálním projektu odměněni třemi kredity prostřednictvím předmětů C5003 Projekt z chemoinformatiky a bioinformatiky (podzimní semestr) a C5002 Projekt z chemoinformatiky a bioinformatiky (jarní semestr). Zápis těchto předmětů je možný po dohodě s vedoucím projektu. Pokud si některý z těchto kurzů zapíšete, budete po jeho ukončení povinni napsat třístránkové shrnutí o projektu a jeho výsledcích. Budete také povinni prezentovat svůj projekt a jeho výsledky na setkání výzkumné skupiny strukturální bioinformatiky.

Šikovným studentům může být také nabídnuta práce na částečný úvazek. Tato možnost se týká i studentů, kteří nestudují na Masarykově univerzitě (např. ještě navštěvují střední školu nebo studují na jiné univerzitě).

Aktuálně nabízené semestrální projekty jsou uvedeny níže. Pokud vás některý z projektů zaujal, neváhejte kontaktovat vedoucího projektu.

Nabízená témata semestrálních projektů

Optimalizácia nástroju na tvorbu templátov pre analýzu konformácií vybraných cyklov

Vedoucí: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková (e-mail, MUNI)

Konzultant: Mgr. Viktoriia Doshchenko (e-mail)

Popis projektu: Jedným z najpoužívanejších zdrojov, ktorý obsahuje 3D štrukturálne dáta makromolekúl a ich príslušných malých molekúl – ligandov je Protein Data Bank (PDB). PDB obsahuje validačné reporty štruktúr, ktoré obsahujú informácie nie len o kvalite štruktúr. Napriek validácií môžu niektoré štruktúry obsahovať menšie alebo väčšie chyby, preto je dôležité overiť ich kvalitu.Na tvorbu templátov pre analýzu konformácií cyklov v ligandoch je použitý nástroj ConfAnalyser. Tento nástroj pracuje so súradnicami, ktoré sú obsiahnuté v PDB súbore. Na základe súradníc pre jednotlivé cykly sa tieto súbory z dátovej sady rozdelia na podskupiny, ktoré odpovedajú jednotlivým konformáciám vybraných cyklov.

Cieľom projektu je optimalizácia nastroju ConfAnalyser.

Požadavky na studenta: Základy programovania v Pythone.

Porovnání konformační závislosti parciálních atomových nábojů solvatovaných proteinů

Vedoucí: RNDr. Ondřej Schindler (e-mail, MUNI)

Popis projektu: Parciální atomové náboje popisují rozložení elektronové hustoty v rámci molekuly. Pro výpočet parciálních atomových nábojů existuje mnoho metod. Konformační závislost parciálních atomových nábojů říká, nakolik se parciální atomový náboj změní v případě změny konformace struktury.

Cílem projektu je zjistit, který typ atomových nábojů je nejvíce konformačně závislý. Za tímto účelem je potřeba vytvořit sadu malých proteinů z AlphaFold DB, pro tuto sadu vypočítat vybrané typy parciálních atomových nábojů a porovnat jejich konformační závislost.

Požadavky na studenta: Znalost programování v Pythonu, zkušenost s operačním systémem Linux. Výhodou je zkušenost s používáním výpočetních zdrojů MetaCentra.

Vplyv nových štruktúrnych metód na vývoj kvality štruktúr akademických časopisov

Vedoucí: Mgr. Bc. Jana Porubská (e-mail, MUNI)

Popis projektu: Spoľahlivé vedecké dáta sú nevyhnutným predpokladom pre ďalší výskum a aplikácie. Zlepšenie kvality dát zabezpečuje, že výsledky sú presné a správne interpretované. Nové metódy, ktoré umožňujú získavanie informácií o štruktúre proteínov, majú potenciál ovplyvniť vývoj kvality štruktúr v príslušnom akademickom časopise.

Ciele projektu: V tomto projekte sa študent zameriava na preskúmanie nových metód získavania štruktúr proteínov a ich potenciálny vplyv na vývoj kvality v príslušných akademických časopisoch. Študent vyberie relevantný súbor publikácií zameraných na metódy zisťovania štruktúr, pričom môže ísť o experimentálne metódy, bioinformatické prístupy alebo o ich kombinácie. Následne vyselektuje metódy s najväčším počtom publikovaných štruktúr a analyzuje priebeh vývoja kvality pre časopis, v ktorom bola metóda publikovaná (s využitím štruktúrnych faktorov).

Požiadavky na študenta: Schopnosť pracovať s databázami a spracovať väčší počet článkov, základné znalosti štatistiky a jej výpočtov.